يعمل مختبر المسجد الحرام في الهيئة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي، على التحقق من النتائج والبيانات التحليلية للحفاظ على صحة ضيوف الرحمن، وذلك باستخدام عدة أنواع من التحاليل تتضمن تحاليل مايكرو بيولوجية، وتحاليل كيميائية، وتحاليل فيزيائية.

ويقوم المختبر على تحقيق معايير الجودة والتأكد من سلامة المياه وخلوها من الشوائب والميكروبات، ومراقبة العناصر الكيميائية، ومراقبة جودة التمور، التي يتم توزيعها في المسجد الحرام، وجودة التعقيم للأسطح.

آلية فحص المياه من خلال أخذ عينات مصادر تقديم المياه وهي (المشربيات - نقاط تعبئة - الخزانات - محطات تبريد)، ويتم فحصها عن طريق تعقيم مكان أخذ العينات بالكحول قبل أخذ العينة، كما يتم أخذ العينة بطريقة معينة للحفاظ عليها من الملوثات الخارجية، حيث يتم وضع العينة في الحافظة المخصصة لها حتى وصولها للمختبر.

ويقوم المختبر بفحص الوجبات بالتأكد من تاريخها وعدم تأثرها بالعوامل الخارجية، وأخذ عينات من جميع سفر الصائمين المتواجدة في المسجد الحرام، ومن ثم وضعها في حافظة مخصصة، حيث يتم فحص التمور فيزيائيًا حسب (الشكل - اللون - القوام)، كما يتم فحصها ميكروبيولوجيًا للتأكد من جودتها.

وفي فحص الأسطح يتم أخذ عينات من جميع الأسطح (السجاد، والمشربيات، والسلالم، وغيرها)، ويجري عليها الفحص الميكروبي باستخدام جهاز قياس نسبة التلوث بالمسح الفوري، ويتم أخذ مسحة باستخدام "السواب" المعقم داخل أنبوب، بحيث يُحفظ لنقله للمختبر في حافظة مخصصة لتحليله ميكروبيولوجيًا.

ويستقبل المختبر يوميًا 50 عينة من المياه، و20 عينة من التمور، فيما يتراوح عدد الفحوصات للأسطح من 5 إلى 10 مرات، ويستخدم فيها العديد من الأجهزة الكيميائية مثل: جهاز الإسبكتروفوتوميتر، وجهاز قياس الأملاح، وجهاز قياس PH، وجهاز قياس التوصيل الكهربائي في الماء، إضافة إلى الأجهزة الميكروبيولوجي مثل: جهاز الحضانة، وكبينة السلامة، والحمام المائي، وجهاز التقطير، وجهاز التعقيم، وجهاز الميكروسكوب، وجهاز قياس نسبة التلوث للأسطح، والميزان الحساس.